La Asociación San Elías forma a sus candidatos con la aprobación y supervisión de la Iglesia, siguiendo las indicaciones de la Ratio studiorum de la Santa Sede, en institutos, seminarios y universidades católicas, buscando formar apóstoles al estilo de San Francisco Javier, patrono de las misiones y bajo la guía principal de Santo Tomás de Aquino.

Durante la formación, todos pasan por un tiempo especial de apostolado en lugares remotos de misión (vgr. Amazonas o África), para poder estar dispuestos a cumplir con el mandato evangélico de «ir por todo el mundo a anunciar el Evangelio» (Mc 16,15) y, una vez ordenados sacerdotes, misionan en aquellos lugares donde son enviados por las autoridades eclesiales y en coordinación con sus superiores propios.